产业经济学在职研究生的困境，是制约产业经济学在职研究生学术创新的主要制约因素，一方面它是此专业学员使命之所在；另一方面，突破困境肯定会带来此专业新的学术崛起。
产业经济学的研究对象是产业内部各企业之间相互作用关系的规律、产业本身的发展规律、产业与产业之间互动联系的规律以及产业在空间区域中的分布规律等。目前，产业经济学在职研究生培养首先的困境是学术上的产业经济学和部门经济学的关系紊乱，加上原有部门经济学的束缚，使得在职研究生的经济学和产业经济理论基础知识不扎实，能够全方位从事产业分析的中高级人才依然缺乏。西化现象依旧严重，中国产业经济学是从国外引进，盲目照搬或模仿，谈何立足本国实际，谈何构建中国自己的产业经济学学科体系。
培养的困境还没有充分考虑到经济全球化、网络化、市场化及国际产业竞争的日益加剧，培养目标依旧落后；趋同性使得产业经济学全国范围的死气沉沉，没有突出学术特色和研究专长。从总体上看，为产业经济学在职研究生的培养目标要还远远没有达到从以培养科研、学术型为主转向以培养综合应用型为主，加速应用型、复合型人才的培养。
目前，我国产业经济学专业有些在职研究生高校设置金融研究、国际贸易、会计信息系统等方向，十分混乱。从总体上看，产业经济学专业方向的设置带有浓厚的部门经济学的色彩；没有把握本学科的专业范畴，主观随意性较大，甚至差异性较大，缺乏稳定性；有些以交叉、边缘性研究设置的方向，而实际上名不符实；专业方向设置数目太多，专业方向本身的重叠度较大，划分缺乏科学性。突破产业经济学在职研究生培养目标与方向的困境，对于产业经济学在职研究生来说，任重而道远。
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