上海海事大学经济管理学院MBA教育始于1996年。该年，经国务院学位委员会批准，学院与荷兰马斯特里赫特管理学院开始合作举办MBA项目，该合作一直持续至今。1998年，经国务院学位委员会批准，学院独立试办MBA教育。2001年，学院通过了国务院学位办组织的全国MBA教育合格评估并取得好成绩，受权开始正式举办MBA教育。2002年，国务院学位委员会批准学院为全国第一批30家试办EMBA教育的单位之一。