1940年在延安，经毛泽东同志提议，中共中央批准，学校更名为中国医科大学。1946年7月，学校奉命随军挺进东北, 到达黑龙江兴山（现鹤岗）1948年11月，东北全境解放，学校奉命进驻沈阳，合并了原国立沈阳医学院（前身为满洲医科大学，1911年由日本国南满铁道株式会社建立）和原私立辽宁医学院（前身为盛京医科大学，1882年由英国教会建立）。1948年，在东北建立的4个分校，其后分别成为哈尔滨医科大学的一部分、延边医学院（现延边大学医学院）、承德医学院；1952年，学校药学院独立建制为沈阳药学院（现沈阳药科大学）。
