商学院设有经济学、财政学、金融学、国际经济与贸易及中澳合作办学国际经济与贸易（国际商务）专业、农林经济管理五个本科专业，有产业经济学、劳动经济学、区域经济学、农林经济管理四个硕士点，经济学专业为江苏省特色专业建设点，国际经济与贸易专业为校特色专业建设点，产业经济学、劳动经济学、区域经济学和农林经济管理为校级重点建设学科。江苏省苏中发展研究院、扬州大学经济研究所等科研机构挂靠我院。学院先后与澳大利亚、德国、美国、香港、台湾等多所高校建立了学术联系。