学院下设生物医学工程系、计算机与信息管理系，并有2个研究所（数字化医学研究所、生物医用材料与组织工程研究所）挂靠我院。2008年5月，我校成为全国新增工程硕士培养单位，是全国首个获得生物医学工程硕士专业学位授予权的医学类院校。2010年获生物医学工程一级学科硕士点授予单位。

温州医科大学信息工程学院在职研究生招生简章

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