皖南医学院基础部成立于1986年，目前拥有15个教研室（解剖、组胚、生理、生化、病理、病生、微生物、寄生虫、药理、生物、体育、外语、物理、化学、计算机）、2个学生实验教学中心（机能学实验中心、形态学实验中心）、6个研究机构（定量药理研究所、蛇毒蛇伤研究所、医学遗传研究室、医学蜱螨研究所、优生优育研究室、发育生物学研究室）

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