福建农林大学主要开设非全日制研究生的学院：公共管理学院、艺术学院、管理学院、交通与土木工程学院、安溪茶学院、经济与管理学院、食品科学学院、经济与管理学院等。

2022年福建农林大学非全日制研究生收费标准:艺术学院、园林学院风景园林硕士学费：2.4万。公共管理学院,公共管理硕士（MPA）学费为：4.2万。管理学院（旅游学院）工商管理硕士（MBA）学费为：5.1万。交通与土木工程学院,土木水利硕士学费为:2.4万。安溪茶学院，农业管理硕士学费：2.4万。经济管理学院，会计硕士（MPAcc）学费：5.4万。食品科学学院，食品加工与安全硕士学费：2.4万。经济管理学院，工商管理硕士（MBA）学费：5.1万。

福建农林大学采用全国统一考试方式招收非全日制攻读硕士学位研究生，招生考试依据国家统一要求，执行与全日制相同的政策和标准，通过后结合分数高低进行录取。