哈尔滨工程大学开设非全日制研究生的学院，主要是经济管理学院、计算机科学与技术学院、机电工程学院、核科学与技术学院、动力与能源工程学院、信息与通信工程学院、人文社会科学学院、自动化学院、智能科学与工程学院、材料科学与化学工程学院、航天与建筑工程学院、船舶工程学院、水声工程学院、物理与光电工程学院。

2023年哈尔滨工程大学非全日制研究生学费标准当中，公共管理硕士(MPA)学费4.2万、工商管理硕士（青岛MBA）学费6万、公共管理硕士(青岛MPA)学费4.8万、工商管理硕士（烟台MBA）学费6万、公共管理硕士(烟台MPA)学费4.8万、电子信息硕士学费2.7万、机械硕士学费2.7万、能源动力硕士学费2.7万、核能与核技术工程硕士学费2.7万。

哈尔滨工程大学开展的非全日制研究生，全日制采用相同的培养模式，需要学员在入学前，参加初试和复试的考核。其中初试通常在每年的12月底，复试在次年的3、4月进行。