上海交通大学在职研究生想要培养知识经济时代的全新人才，关键在于落实和扩大学校的办学自主权，让上海交通大学在职研究生在自主办学中形成自身的定位，而不应该由行政安排、部署哪些院校进行转型。
上海交通大学在职研究生教育存在办学定位不清晰的问题，全国也是如此。像地方本科院校，本应以就业为导向，培养职业技术人才，可不少地方本科院校难安于本分，总想办成综合性院校，申请硕士点、博士点，向研究型院校看齐，这就挤占了有限的在职研究生教育资源。这些学校依据其办学传统与办学条件，其实应该进行以就业为导向的职业教育、技术教育，但却把实行精英教育、通识教育作为学校定位，导致这些学校没有特色鲜明的学科、专业。
目前教育的趋同化使得中国高校与高校之间，几乎没有多大的人才培养模式差异，就更不用说学校内部的学科、专业了。相比较而言，上海交通大学在职研究生也有职业教育的部分。类似于MBA、MPA这样的专业硕士。上海交通大学想要改革出在职研究生教育的相当部分在学期间，只要求完成相应课程学分，并不要撰写、发表学术论文，有的研究生培养项目，时长仅一年到一年半，这还在筹划中。要实现建设世界一流大学的战略目标，人才是基础。只有引对人、留住人、用好人，才能保障人才成为学校发展的动力。如何才能更好地做到引、留、用。除了提供人力、物力、财力上的支持，更重要的是根据上海交通大学在职研究生教育根据长期发展规划需求，制定师资队伍建设的战略目标，并建立配套的体制机制，使之与国际接轨。上海交通大学在职研究生教育根据人才发展规律，经过科学论证，提出了人才金字塔创新人才成长计划。
上海交通大学在职研究生开始调整在职研究生的培养结构，但对于在职研究生培养结构的调整，仍存在一个严重问题：用行政计划方式推动，而不是由学校自主进行调整。
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