学院成立于1996年1月，由华南农业大学原基础课教学研究部和计算机中心合并而成，负责承担全校各专业的数学、物理学、化学及计算机科学类的基础课教学工作及计算机应用、精细化工和财务与计算机三个专科专业的教学工作。1998年，学院开设的计算机应用和精细化工两个专科专业升格为计算机科学与技术和应用化学本科专业。2002年增设了信息与计算科学本科专业。2003年7月，计算机科学与技术专业从理学院分出组建信息学院。2004年理学院又增设了数学与应用数学、光信息科学与技术和材料化学本科专业。2008年增设了电子信息科学技术。
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