海洋科学学院的前身为大气科学学院下设的海洋科学专业。2003年招收第一批海洋科学专业学生,2005年组建海洋科学系,2006年获国家本科理学学士授予权, 同年获评校级特色专业, 2008年获评中国气象局重点学科，2012年初海洋科学学院正式独立运行。海洋科学学院迄今已招收9届本科生，其中毕业并授予理学学士6届，目前在校学生近200人。

南京信息工程大学海洋科学学院在职研究生招生简章

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