学院下设大气科学系、气候学系和海洋科学系。校气象台、气象灾害省部共建教育部重点实验室与学院实行“三位一体”的运行管理体制。另有资料同化研究中心、应用水文气象研究院、太平洋台风研究中心和南京大气资料中心等教学科研机构挂靠在学院。现有大气科学、大气科学（气候学方向）、大气科学（水文气象方向）和海洋科学四个本科专业，其中大气科学专业为江苏省品牌专业、教育部高等学校特色专业建设点；

南京信息工程大学大气科学学院在职研究生招生简章

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