学院下设食品科学系、食品工程系、生物化工系、食品安全研究中心、中法国际乳品科学与技术实验室（HIT-INRA）。国家轻工业甜菜糖业质量监督检测中心、黑龙江省食糖产品质量监督检验站、全国甜菜糖业标准化中心挂靠在我院。2005年12月，以学院为主体与法国国家农业科学研究院联合成立了“中法乳业学院”。由我院负责编辑出版的《中国甜菜糖业》是我国唯一公开对外发行的甜菜糖业中文科技核心期刊，《生物信息学》是从2004年起对外公开出版发行的中文科技核心期刊。

哈尔滨工业大学食品科学与工程学院在职研究生招生简章

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